zak blog

ICSB併載のSBML Forumに参加。

僕は３年ほどスキップしていたので、久しぶりに見かける皆さんは、僕の記憶からはそれなりに年をとっているように見えた。こうやって、生きていれば、少しずつみんな年をとっていくのだろう。

肝心のSBML Lv.3の話題について、僕が３年間離れていた間の進捗は正直なところ驚くほど少ないような感想を思った。これがいわゆるアンチパターンで言うところの委員会方式の弊害か。

もっとも、SBMLの仕様に関する議論で常に紛糾していた原因は、それぞれのモデリング対象、手法についての考え方の違いだったわけで、その意味では、この数年間は仕様の方よりもlibSBML、CellDesignerによるSBGNなどの「具体的な実装」に注力することによって、委員会方式での不毛な議論を、目に見える実績によって乗り越えようとする努力が行われていたのだと思う。

結局のところ、SBMLとはシステム生物学における方法論に関する議論であり、「どのような目的で、どのような手法を使ってやるのか」に関する議論が必要であり、ソフトウェア工学やシステム開発よりも実験、モデリングに興味のある人がもっと議論に参加するべきなのだろう。
８年前に初めて行った時に比べて、ずいぶん人が増えてきたと思うけれど、まだまだ足りないと思う。まあ、モデリング寄りの人がSBMLの仕様（方法論）にまで興味を持ってくれて、口を出したいと思うかどうかまで望むのは厳しいのかもしれないとは思う。